En 1990, lorsque le Conseil fédéral a décidé de réaliser la NLFA, il motivait sa décision par quatre arguments principaux, qui sont toujours d’actualité :
- La NLFA permet à la Suisse de relever les défis que posent la future croissance du trafic en Europe et le processus d’intégration européen. Elle est l’élément principal du corridor européen de fret ferroviaire Rhin – Alpes qui mène de Rotterdam et d’Anvers à Gênes.
- La Suisse préserve sa position centrale en termes de politique des transports ; elle profite de l’utilité politique et économique globale de la NLFA ainsi que de temps de parcours plus brefs. Non seulement elle veille à un raccordement optimal aux principaux partenaires commerciaux mais elle rapproche aussi les différentes régions, comme prévu dans le Projet de territoire Suisse.
- Les tunnels de faîte du Saint-Gothard, du Loetschberg et du Ceneri ont été mis en service il y a une centaine d’années. En construisant les tunnels de base, la Suisse s’assure de disposer d’une infrastructure ferroviaire moderne et performante. Conjointement à la route, il sera ainsi possible de maîtriser les flux de trafic qui s’annoncent.
- La NLFA contribue de manière déterminante au transfert de la route au rail du trafic marchandises transalpin, transfert décidé par le peuple suisse en 1994. Grâce aux tunnels de base performants, de nombreux trains de marchandises peuvent circuler et même les longs trains de marchandises peuvent traverser les Alpes tirés par une seule locomotive. La compétitivité du rail s’en trouve renforcée.