Die Verantwortung für den korrekten und gesetzeskonformen Einsatz der Subventionsgelder liegt bei den Transportunternehmen. Sie werden dabei von Revisionsgesellschaften unterstützt:
- Transportunternehmen, deren Abgeltungen und Darlehen im RPV und im Betrieb und Substanzerhalt der Bahninfrastruktur gesamthaft eine Million Franken pro Jahr übersteigen, müssen jährlich eine Spezialprüfung gemäss entsprechender BAV-Richtlinie durch eine Prüfgesellschaft durchführen lassen.
- Transportunternehmen, die pro Jahr mehr als zehn Millionen Franken an Abgeltungen für den RPV und die Infrastruktur erhalten, müssen ihre Jahresrechnung durch eine Revisionsgesellschaft ordentlich prüfen lassen.
- Die Transportunternehmen sollen einen anerkannten, vom BAV bezeichneten Rechnungslegungsstandard anwenden.
- Die Transportunternehmen müssen eine Erklärung abgeben, dass sie die subventionsrechtlichen Grundsätze einhalten.
Das BAV präzisiert die gesetzlichen Vorgaben für die Rechnungslegung und das Controlling im Rahmen einer Wegleitung («Guidance»). Unter anderem wird darin festgelegt, welche Kosten in den Planrechnungen («Offerten») angerechnet werden dürfen und welche nicht.
Bei der Bestellung von RPV-Angeboten sind die Kantone federführend. Sie steuern und prüfen die Subventionsflüsse. Das BAV führt als Mitbesteller ein Controlling durch. Es plausibilisiert die Planrechnungen («Offerten) der Transportunternehmen als auch deren Jahresrechnungen. Hierfür vergleicht es unter anderem Kennzahlen (Benchmarking). Für die Beurteilung der Jahresrechnung stützt es sich auf die Resultate der vorgeschriebenen Prüfungen (s. oben) sowie auf weitere Unterlagen. Seit 2019 werden die Rechnungen der Transportunternehmen vom BAV nicht mehr formell genehmigt. Damit wird die Verantwortung der Unternehmen für den korrekten und gesetzeskonformen Rechnungsabschluss noch stärker als bisher hervorgehoben.
Die Revision des BAV sowie die eidgenössische und die kantonalen Finanzkontrollen führen zusätzlich zum Controlling vertiefte, stichproben- und risikoorientierte Prüfungen bei den Transportunternehmen durch.
