Le imprese di trasporto sono responsabili che i sussidi ricevuti siano impiegati in maniera corretta e conforme alla legge. A tal fine sono coadiuvate dalle società di revisione.
- Le imprese di trasporto che ricevono indennità o mutui per il TRV o per l'esercizio e il mantenimento della qualità dell'infrastruttura ferroviaria devono sottoporli ogni anno a una verifica speciale da parte di una società di revisione secondo la corrispondente direttiva dell'UFT se il loro totale annuo è superiore a un milione di franchi.
- Le imprese di trasporto che ricevono indennità per un totale di oltre 10 milioni di franchi l'anno per il TRV e l'infrastruttura devono far sottoporre i propri conti annuali a una verifica ordinaria da parte di una società di revisione.
- Le imprese di trasporto devono applicare norme per la presentazione dei conti riconosciute, designate dall'UFT.
- Le imprese di trasporto devono dichiarare di rispettare i principi del diritto sui sussidi.
L'UFT precisa le disposizioni di legge sulla presentazione dei conti e sul relativo controllo in apposite direttive («guidance») che, tra le altre cose, stabiliscono i principi dell’ordinazione e quali costi sono computabili nei conti di previsione (offerte presentate) e quali no.
L'ordinazione delle offerte nel TRV avviene sotto l'egida dei Cantoni, che gestiscono l’offerta e verificano i fondi necessari. L'UFT, che partecipa all'ordinazione, si incarica dei controlli verificando, in particolare mediante analisi comparative degli indici (benchmarking), la plausibilità dei conti di previsione (offerte presentate) e dei conti annuali delle imprese di trasporto. Per la valutazione dei conti annuali si basa sui risultati delle revisioni prescritte (cfr. sopra) e su ulteriori documenti. Dal 2019 le imprese di trasporto non devono più sottoporgli i conti per approvazione formale, il che mette ulteriormente in evidenza la loro responsabilità per una chiusura dei conti corretta e conforme alla legge.
Inoltre, la Revisione dell'UFT nonché i Controlli delle finanze federale e cantonali conducono presso le imprese di trasporto verifiche a campione approfondite in funzione dei rischi.