Con le tre gallerie di base Alptransit del San Gottardo, Lötschberg e Ceneri è stata realizzata una ferrovia pianeggiante attraverso le Alpi, che rende il traffico merci transalpino più attrattivo e riduce i tempi di percorrenza nel traffico viaggiatori. Alptransit, conclusa a fine 2020, è costata circa 22,8 miliardi di franchi.
Con il programma «Ferrovia 2000» la Confederazione ha potenziato il sistema dei nodi ferroviari e l’orario cadenzato. Dal 2004 la nuova tratta Mattstetten–Rothrist consente tempi di percorrenza inferiori a un’ora tra Berna e Zurigo, Basilea e Lucerna.