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La navigazione in Svizzera riveste un ruolo importante per il turismo ed il traffico d'escursione. I circa 150 battelli delle imprese di navigazione titolari di concessione federale trasportano ogni anno 13 milioni di vacanziero sui laghi svizzeri e nelle acque di confine. Molto apprezzate sono anche le imbarcazioni sportive e da diporto tanto che oggi, in Svizzera, ne sono immatricolate circa 96 000. La navigazione ha un ruolo importante anche per il traffico merci: ogni anno circa 120 battelli trasportano sulle acque svizzere 2,5 milioni di tonnellate di merci. Per il trasporto di beni e per l'approvvigionamento del Paese assume particolare rilevanza la navigazione sul Reno.
L'UFT disciplina la costruzione navale, la circolazione dei natanti e l'abilitazione del personale dibordo nonché sviluppa le relative prescrizioni in funzione delle esigenze. L'Ufficio vigila inoltre sulle imprese di navigazione titolari di una concessione federale, ossia sui battelli di linea che circolano sui fiumi e sui laghi svizzeri e sulle acque di confine; a tal fine verifica il rispetto delle norme e degli standard in vigore. La vigilanza sugli altri natanti è di competenza dei Cantoni. Ente di contatto per gli utenti di fiumi e laghi sono i rispettivi uffici cantonali della navigazione.
Quale membro delle commissioni internazionali per la navigazione sul lago Lemano, sul lago di Costanza e sui laghi del Ticino, l'UFT fornisce un contributo determinante alla stesura di nuove prescrizioni sulla navigazione per le acque di confine o all'adeguamento di quelle esistenti. La navigazione sul Reno (passeggeri e merci) e quella marittima sono disciplinate da trattati internazionali. Per la prima l'UFT partecipa ai lavori di redazione ed adeguamento di nuove direttive, condotti dalla Commissione centrale per la navigazione sul Reno; interlocutore per la seconda è invece l'Ufficio svizzero della navigazione marittima.
