La revisione del 1996 della legge federale sulle ferrovie e le successive riforme hanno permesso di potenziare gradualmente le ferrovie svizzere e di adattare il sistema esistente alla normativa dell’Unione europea. Nell’ambito della riforma delle ferrovie 1, nel 1999 le FFS sono state trasformate da istituto della Confederazione in una società anonima di diritto speciale, il trasporto merci è stato liberalizzato, l’infrastruttura (rete ferroviaria) e i trasporti sono stati separati sul piano contabile e organizzativo ed è stato introdotto l’accesso alla rete senza discriminazioni.
Il 23 febbraio 2005 il Consiglio federale ha adottato e trasmesso al Parlamento il messaggio concernente la Riforma delle ferrovie 2, che le Camere hanno però respinto chiedendo che venisse rielaborato. Il 9 marzo 2007 il Consiglio federale ha presentato un messaggio aggiuntivo intitolato «Revisione della disciplina sui trasporti pubblici» che conteneva solo gli elementi non contestati del progetto di riforma precedente, tra i quali, per esempio, la revisione dei servizi di sicurezza, la parificazione delle imprese di trasporto e l’ulteriore sviluppo delle riforme precedenti. La Revisione della disciplina sui trasporti pubblici è entrata in vigore a inizio 2010.
Il 20 ottobre 2010 è stato presentato il messaggio concernente la seconda fase della Riforma delle ferrovie 2 (riforma delle ferrovie 2.2), il cui elementio centrale principali erano il recepimento delle direttive UE relative all’interoperabilità e alla sicurezza , ma che tratta anche altri temi, tra i quali l’introduzione a livello legislativo dei bandi pubblici nel settore delle autolinee. Tali modifiche sono in vigore da metà 2013.