L'Ufficio federale dei trasporti fu fondato il 1° aprile 1873 come Divisione Ferrovie della Confederazione. La Divisione ricevette l'incarico di vigilare su costruzione, esercizio, contabilità e tariffe delle ferrovie svizzere nonché di rilasciare le concessioni, compiti fino ad allora svolti dai Cantoni interessati.
Nel 1902 le ferrovie private sono diventate le Ferrovie federali svizzere FFS. I compiti della Divisione Ferrovie si estesero, ad esempio al settore della navigazione. A questi si aggiunsero, con l'avvento delle auto, sempre più questioni generali riguardanti il traffico e via via fino al 1981 anche la «promozione del turismo». Per tale motivo nel 1935 la Divisione diventò l'«Ufficio federale dei trasporti».
Con gli anni le responsabilità dell'Ufficio si sono estese alla vigilanza sulla sicurezza, al finanziamento e alla regolamentazione di tutti i TP, ossia al trasporto con autobus, tram, treni, battelli e impianti a fune, nonché al traffico merci su rotaia.
