Die schnellen Bahnlinien zwischen den mittleren und grossen Zentren, welche in der Regel mit Intercity- und Interregio-Zügen bedient werden, bilden das Fernverkehrsnetz. Die meisten Fernverkehrsstrecken werden von der SBB betrieben. Die BLS betreibt unter der Konzession der SBB drei Linien auf eigene Rechnung, zudem fährt die SOB zwei Linien im Auftrag der SBB.
Der Bund verfügt über das Personenbeförderungsregal. Dabei handelt es sich um das ausschliessliche Recht, Reisende gewerbsmässig regelmässig zu transportieren. Dieses kann er mit Konzessionen an geeignete Unternehmen abtreten. Der Bund hat die Konzession für das gesamte Fernverkehrsnetz bis Ende 2029 an die SBB vergeben.
Die SBB betreibt den überwiegenden Teil des Fernverkehrsnetzes selber. Die BLS betreibt im Rahmen der SBB-Konzession die Linien Bern–Biel, Bern–Burgdorf–Olten und Bern-Neuenburg-La Chaux-de-Fonds. Die SOB fährt im Auftrag der SBB über die Gotthard-Bergstrecke sowie von Chur über Zürich nach Bern.
Der Fernverkehr muss eigenwirtschaftlich betrieben werden.
Wegleitung Fernverkehr
Mit einer Wegleitung des BAV wird das Fernverkehrsnetz definiert auf der Basis von Kriterien, die aus dem Raumkonzept Schweiz abgeleitet sind.
Rückgrat des Fernverkehrsnetzes ist das Basis-Netz, welches die Feinerschliessung des Landes mittels Fernverkehr sicherstellt: Es erschliesst alle Handlungsräume und bindet die gross- und mittelstädtischen Zentren, die einwohnerstarken Agglomerationen und die nationalen Flughäfen an die metropolitanen Zentren an. Dazu kommt das Intercity-Netz (IC-Netz), das die metropolitanen Zentren verbindet und die Anbindung an die europäischen Hauptverkehrsachsen sicherstellt. Mit abgestuften Vorgaben für das Basisnetz und das Intercity-Netz soll der heutige Qualitätsstandard gesichert und gezielt ausgebaut werden.
Bei der Wegleitung handelt es sich um eine BAV-interne Handlungsorientierung, welche einen längerfristigen Zielzustand darstellt. Die konkreten Entscheide zur Ausgestaltung des Fernverkehrsnetzes werden über die Konzessionen und die Entscheide von Bundesrat und Parlament zum Ausbau des Eisenbahnnetzes im Rahmen der Bahn-Ausbauschritte gefällt.