Die Verantwortung für den korrekten und gesetzeskonformen Einsatz der Subventionsgelder liegt bei den Transportunternehmen. Sie werden dabei von Revisionsgesellschaften unterstützt:
- Transportunternehmen, deren Abgeltungen und Darlehen im RPV und im Betrieb und Substanzerhalt der Bahninfrastruktur gesamthaft eine Million Franken pro Jahr übersteigen, müssen jährlich eine Spezialprüfung gemäss entsprechender BAV-Richtlinie durch eine Prüfgesellschaft durchführen lassen.
- Transportunternehmen, die pro Jahr mehr als zehn Millionen Franken an Abgeltungen für den RPV und die Infrastruktur erhalten, müssen ihre Jahresrechnung durch eine Revisionsgesellschaft ordentlich prüfen lassen.
- Die Transportunternehmen sollen einen anerkannten, vom BAV bezeichneten Rechnungslegungsstandard anwenden.
- Die Transportunternehmen müssen eine Erklärung abgeben, dass sie die subventionsrechtlichen Grundsätze einhalten.
In den Sparten, die durch den Bund (mit-)finanziert werden, führt das BAV ein Controlling durch. Dieses bezweckt, die Subventionen umfassend zu steuern und ihre korrekte Verwendung zu prüfen. Betrachtet werden insbesondere die Planrechnungen («Offerten») und die Jahresrechnungen der Transportunternehmen.
Die Revision des BAV sowie die eidgenössische und die kantonalen Finanzkontrollen führen zudem zusätzlich vertiefte, stichproben- und risikoorientierte Prüfungen bei den Transportunternehmen durch.
