Nella fase operativa, l'UFT sorveglia le imprese di trasporto e verifica che siano applicate tutte le misure previste per garantire un servizio affidabile e sicuro e che siano rispettate le norme di sicurezza. L'UFT chiede inoltre alle imprese di trasporto di notificare lo stato della rete ferroviaria ed eventi straordinari, e svolge ispezioni e controlli della sicurezza. Da queste misure di vigilanza emerge tra l'altro se un'impresa di trasporto ha predisposto un sistema efficace per il controllo della sicurezza e se tale sistema funziona. Inoltre, tramite prove a campione, i collaboratori dell'UFT svolgono un esame in funzione dei rischi su veicoli o parti dell'infrastruttura, verificando la sicurezza d'esercizio (p. es. treni merci, ponti, impianti elettrici ecc.). Può essere oggetto d'esame anche l'esercizio ferroviario stesso, ossia l'interazione tra l'uomo e la tecnica. Si controllano ad esempio i lavori di smistamento, la preparazione dei treni o l'osservanza della legge sul lavoro. Nel caso in cui le disposizioni di sicurezza non siano rispettate, l'UFT chiede che l'impresa rimedi entro un termine stabilito alle lacune riscontrate. Se ciò non avviene, l'UFT ricorre a sanzioni che possono persino sfociare nel ritiro dell'autorizzazione d'esercizio.
