L'OFT surveille les phases d'exploitation pour voir si les entreprises de transport ont pris toutes les mesures nécessaires à une exploitation fiable et sûre et que lesdites mesures sont également respectées. A cet égard, l'OFT exige des indications sur l'état du réseau ferré et des informations en cas d'événement extraordinaire ; il effectue en outre des audits et des contrôles d'exploitation. Ces activités de surveillance lui permettent de savoir si l'entreprise de transport a instauré un système de gestion sécuritaire efficace et si ce dernier est concluant. Les employés de l'OFT vérifient de plus la sécurité opérationnelle de certains véhicules ou de parties infrastructurelles (p.ex. de trains de marchandises, de ponts, d'installations électriques, etc.) en effectuant des pointages en fonction des risques encourus. Mais le déroulement des activités, c.-à-d. l'interaction être humain-machine dans l'exploitation ferroviaire, peut également faire l'objet de contrôles. Ainsi, les manœuvres, les préparations des convois ou le respect de la législation sur la durée du travail peuvent être contrôlés. S'il s'avère que les dispositions sécuritaires ne sont pas respectées, l'OFT exige de l'entreprise qu'elle supprime les lacunes constatées dans un certain laps de temps. Si l'entreprise n'obtempère pas, l'OFT prend alors des sanctions pouvant aller jusqu'au retrait de l'autorisation d'exploiter.
