Bei der Volksabstimmung von 1998 veranschlagte der Bundesrat die Kosten für die NEAT auf 13,6 Milliarden Franken (Preisstand 1995). 2008 erhöhte das Parlament den NEAT-Kredit im Rahmen der "Gesamtschau FinöV" auf 19,1 Milliarden Franken (Preisstand 1998). Seither ist die Endkostenprognose leicht sinkend und liegt aktuell bei 17,7 Milliarden Franken. Dies entspricht rund 22,8 Milliarden Franken zu heutigen Kosten und unter Einbezug von Zinsen und Mehrwertsteuer.  Die Mehrkosten gegenüber der ursprünglichen Planung kamen wegen folgenden Faktoren zustande:

  • Erhöhung der Sicherheitsstandards und Anpassungen an den Stand der Technik (z. B. Ceneri-Basistunnel mit zwei separaten Röhren statt einer Doppelspurröhre)
  • Verbesserungen für Bevölkerung und Umwelt (z. B. Umfahrung Bahnhof Frutigen, neuer Anschluss in Erstfeld)
  • Geologie
  • Vergabe und Bauausführung
  • Projekterweiterungen
https://www.bav.admin.ch/content/bav/de/home/verkehrstraeger/eisenbahn/ausbauprogramme_bahninfrastruktur/neat/kosten.html