Das Bundesamt für Verkehr ist eines von sieben Ämtern des Eidgenössischen Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK). Die Organisation des Amtes orientiert sich an den zentralen Aufgaben.
Die Direktion des BAV setzt sich zusammen aus dem Direktor, den Chefinnen und Chefs der Abteilungen Politik, Infrastruktur, Sicherheit, Finanzierung und Betriebswirtschaft und Organisation sowie dem Leiter der Sektion Kommunikation und der Leiterin der Sektion Strategische Analyse und Projekte.